驾校违约金扣除标准依据双方约定及法律规定。未参加体检扣50元；体检合格未考科目一扣建档服务费150元；科目一未合格扣建档服务费及培训费250元。根据《中华人民共和国民法典》相关规定，驾校与学员间关于退费事宜的约定具有法律约束力。若驾校未按约定提供服务，如未安排体检或考试，学员有权要求退学并扣除相应费用。若不及时处理退费问题，可能导致学员权益受损，影响信任度及行业口碑。
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驾校退费视情况而定：1. 未体检，仅扣除50元服务费；2. 体检后未考科目一，退建档费150元及培训费；3. 科目一未合格，再扣理论培训费150元；4. 科目一后上车训练前退学，扣除更多费用；5. 科目一合格后路考前退学，学费不予退还。
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处理驾校违约金问题，常见方式为先查看合同条款，再与驾校协商。若协商无果，可考虑向消费者协会投诉或法律途径解决。选择时，需考虑效率与成本，优先尝试协商，快速且成本低。