工厂自离工资被扣，可申请仲裁维权。依据《劳动合同法》，工厂无权无故扣留工资，扣留行为违法。不及时处理可能导致权益受损，影响生活。
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工厂自离工资被扣，应这样处理：1.与工厂协商，要求支付被扣工资，明确表达诉求。2.协商无果，向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据。3.若投诉未解决，准备材料向劳动仲裁委员会申请仲裁，维护自身权益。
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工厂自离工资被扣，常见处理方式为协商、投诉、仲裁。首先尝试与工厂协商，无果后向劳动监察部门投诉，仍无法解决则申请劳动仲裁，根据具体情况选择合适方式。