在公司协议审核中，若协议存在模糊条款，可能引发解释争议、履行困难甚至法律纠纷等后果。根据《民法典》合同编的相关规定（如第四百六十六条关于合同条款解释的规定），双方应首先尝试通过协商明确条款含义。若协商不成，可依据交易习惯或诚信原则进行解释，必要时可诉诸法院或仲裁机构，由专业机构根据法律规定和案件事实进行裁决，以确定双方权利义务。
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若发现公司协议中存在违法内容，应立即停止执行该协议，并区分情况处理：1. 若违法内容可分割，可协商修改并重新签订合法合规的协议；2. 若违法内容导致整个协议无效，应确认协议无效并协商新的合法协议；3. 同时，应咨询专业法律人士，评估法律风险，必要时采取法律措施保护公司权益。
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从法律角度，确保公司协议审核的全面性和有效性需做到：1. 审查双方主体资格是否合法；2. 逐条核对协议内容，确保符合法律法规，无违法条款；3. 确认协议表达清晰，无模糊条款；4. 评估协议风险，包括潜在的法律纠纷和违约责任；5. 必要时，聘请专业律师进行法律审查，并出具法律意见书。